Η κλιματική αλλαγή θα αποτελέσει βασικό προβληματισμό, αλλά και σημαντική παράμετρο κατά το σχεδιασμό των δράσεων διαχείρισης του προγράμματος LIFE-Prespa Waterbirds, καθώς οι υγρότοποι συγκαταλέγονται μεταξύ των πιο ευάλωτων στις κλιματικές αλλαγές οικοσυστημάτων. Η επερχόμενη αύξηση της θερμοκρασίας, η μείωση των βροχοπτώσεων και η μεγαλύτερη συχνότητα ακραίων καιρικών φαινομένων αναμένεται να προκαλέσουν σημαντικές αλλαγές στη λειτουργία των οικοσυστημάτων. Οι αυξομειώσεις της στάθμης της Μικρής Πρέσπας, πέρα από την προφανή επίπτωση που έχουν στη διαθεσιμότητα του νερού για άρδευση, επιδρούν αρνητικά στο σύνολο του οικοσυστήματος καθώς επηρεάζουν την έκταση των υγρών λιβαδιών, που αποτελούν σημεία αναπαραγωγής των ψαριών και τροφής των πουλιών. Παράλληλα, οι ενδεχόμενες παρατεταμένες περίοδοι ξηρασίας αυξάνουν τον κίνδυνο πυρκαγιών στους καλαμιώνες, όπου φωλιάζουν τα πουλιά με σημαντικές επιπτώσεις στην επιτυχία αναπαραγωγής τους, αλλά και στο τοπίο. Στο σχέδιο διαχείρισης του καλαμιώνα θα λαμβάνονται υπόψη όλα τα ενδεχόμενα σενάρια σχετικά με το εύρος των χαμηλών επιπέδων της στάθμης της λίμνης, τη συχνότητα εμφάνισης φαινομένων ξηρασία και το μέγεθος τους. Μέσω του προγράμματος θα εκτιμηθούν οι επιπτώσεις της κλιματικής αλλαγής και θα σχεδιαστούν μέτρα για τη διατήρηση και την προσαρμογή του οικοσυστήματος στις νέες συνθήκες. Προβλέπεται να δημιουργηθεί ένα πρωτόκολλο «ευπάθειας» του υγροτόπου στην κλιματική αλλαγή, το οποίο θα συνοδεύεται από αντίστοιχα μέτρα διαχείρισης. Το πρωτόκολλο αυτό αναμένεται να αποτελέσει χρήσιμο εργαλείο για άλλους υγροτόπους της Μεσογείου με παρόμοια χαρακτηριστικά με αυτά της Πρέσπας, γι’ αυτό και σχεδιάζεται να παρουσιαστεί σε αρχές, φορείς και ενδιαφερόμενους που εμπλέκονται σε θέματα διαχείρισης υγροτόπων.