Τριγυρισμένες από ψηλά βουνά, στα σύνορα της Ελλάδας με την Αλβανία και την Bόρεια Μακεδονία, βρίσκονται οι λίμνες Μικρή και Μεγάλη Πρέσπα. Οι τρείς χώρες μοιράζονται την λεκάνη των Πρεσπών, η οποία παρά την μικρή της έκταση, χαρακτηρίζεται από πλήθος διαφορετικών οικοτόπων και φιλοξενεί πλούσια βιοποικιλότητα. Σπάνια είδη πουλιών, θηλαστικών, ερπετών, ψαριών και φυτών, πολλά εκ των οποίων μοναδικά, προσελκύουν το ενδιαφέρον επιστημόνων, ερευνητών και επισκεπτών από όλο τον κόσμο.
Η περιοχή προστατεύεται από διεθνείς συνθήκες και νόμους της εθνικής και κοινοτικής νομοθεσίας. Το 1974 οι λίμνες των Πρεσπών κηρύχθηκαν Εθνικός Δρυμός και από το 2009 το σύνολο της λεκάνης της ελληνικής Πρέσπας χαρακτηρίστηκε Εθνικό Πάρκο. Στο Εθνικό Πάρκο Πρεσπών (ΕΠαΠ) καταγράφονται πάνω από 2.000 είδη και υποείδη φυτών, σε 49 διαφορετικούς τύπους οικοτόπων, από τους οποίους 7 θεωρούνται τύποι οικοτόπων προτεραιότητας. Είδη όπως η Phelypaea boissieri και η υδρόβια Aldrovanda vesiculosa, ένα σαρκοφάγο φυτό, απαντώνται στην Ελλάδα μόνο στο Εθνικό Πάρκο Πρεσπών. Η άγρια πανίδα παρουσιάζει επίσης ιδιαίτερο ενδιαφέρον. Στην περιοχή εντοπίζεται πλήθος μεγάλων θηλαστικών, όπως η αρκούδα, ο λύκος, ο αγριόχοιρος, το ζαρκάδι αλλά και μικρότερων, όπως η αγριόγατα, η βίδρα και το κουνάβι. Εξίσου πλούσια είναι η ιχθυοπανίδα, καθώς στα νερά των Πρεσπών ζουν 23 είδη ψαριών, εκ των οποίων τα 9 είναι ενδημικά.
Ξεχωριστό χαρακτηριστικό της Πρέσπας αποτελεί η σπουδαία ορνιθοπανίδα της. Έχουν καταγραφεί 272 είδη πουλιών, 143 από τα οποία φωλιάζουν στην περιοχή. Ευρέως γνωστές είναι οι μεικτές αποικίες αργυροπελεκάνων (Pelecanus crispus) και ροδοπελεκάνων (Pelecanus onocrotalus), με πληθυσμό περίπου 1200 και 500 ζευγάρια αντίστοιχα˙ στην Πρέσπα φιλοξενείται η μεγαλύτερη αποικία αργυροπελεκάνων στον κόσμο. Οι καλαμιώνες του Εθνικού Πάρκου, αποτελούν ένα πολύ σημαντικό οικοσύστημα καθώς πρόκειται για ιδανικό βιότοπο, αλλά και τόπο αναπαραγωγής σημαντικών ειδών πουλιών, όπως οι λευκοτσικνιάδες, οι αργυροτσικνιάδες, οι χαλκόκοτες, οι νυχτοκόρακες και οι λαγγόνες.